Elu par le Conseil, le Président est l'organe exécutif de la Communauté d'Agglomération : il prépare et exécute les délibérations du Conseil. Il peut compter pour cela sur l'aide des commissions pour la préparation et des différents services pour l'exécution.

Le Président est aussi l'ordonnateur des recettes et des dépenses, c'est à dire qu'il donne l'ordre au comptable public de payer les dépenses et de recouvrer les recettes. Il dispose également du pouvoir de nomination des agents de la Communauté d'Agglomération.

Il est donc seul chargé de l'administration mais il peut déléguer, sous sa surveillance et sa responsabilité, certains de ses pouvoirs aux vice-présidents ou à d'autres membres du Bureau. Il peut aussi déléguer son pouvoir de signature au directeur ou au directeur adjoint de la Communauté d'Agglomération.

Enfin, le Président est le chef des services et est chargé de représenter la Communauté d'Agglomération en justice.

Pierre Moscovici a succédé à Louis Souvet le samedi 12 avril 2008.

Pierre Moscovici est né le 16 septembre 1957 à Paris.

Il a fait des études brillantes : DEA de Sciences économiques, DEA de philosophie, Sciences-Po Paris, ENA (promotion Louise Michel) où il fut l'élève de Dominique Strauss-Kahn.

Il est rentré au Parti Socialiste en 1984. Il a été membre du conseil municipal de Montbéliard, conseiller général du Doubs, conseiller régional de Franche-Comté, député européen, député du Doubs et ministre des affaires européennes du gouvernement Jospin entre 1997 et 2002.

Il est actuellement conseiller municipal de Valentigney, député du Doubs, secrétaire national aux relations internationales du Parti Socialiste, enseignant à l'Institut d'Etudes Politiques de Paris et conseiller maître à la cour des comptes.

Il a été président de la commission d'enquête parlementaire sur la libération des infirmières bulgares. Il s'est vu décerné le prix du député de l'année 2007 par un jury de journalistes, visant à « saluer l'action et le professionnalisme de personnalités politiques ». Il est également auteur de nombreux essais.